Si, aquellos correos que no son bajados con algún programa de correo (Outook, Thunderbird, etc.), ya sea que se encuentren en la bandeja de entrada, enviados o basura restan espacio al total disponible para los archivos o bases de datos.
Si los correos son leídos con Outlook, Thunderbird u otros programas configurados como POP3, son bajados del servidor por dichos programas y por lo tanto dejan de ocupar espacio de su sitio.